在2025賽季足協杯第三輪比賽中，競技激情持續升溫。繼武漢三鎮和梅州客家在首輪比賽中遺憾出局后，深圳新鵬城和長春亞泰也在殘酷的點球決戰中告別了本賽季的征程。而申花、海港、國安等強隊則以大比分戰勝對手，順利晉級下一輪。

首個比賽日，浙江隊以微弱優勢1比0戰勝廣州蒲公英，展現了其堅韌的防守實力。而武漢三鎮則遭遇了陜西聯合的頑強抵抗，最終以1比2的比分敗下陣來。同樣，梅州客家也遭遇了廣西恒宸的頑強阻擊，兩支中超球隊連續第二個賽季在足協杯一輪游。

周三的比賽日，大連英博以5比1的比分大勝深圳青年人，顯示出其強大的攻擊力。青島西海岸則在客場以2比0戰勝延邊龍鼎，上海申花同樣在客場以2比0輕松擊敗無錫吳鉤。而在云南玉昆與定南贛聯的比賽中，云南玉昆在落后的情況下連入兩球，最終以2比1的比分逆襲成功。

廣東廣州豹主場與深圳新鵬城的比賽尤為激烈。在夏達龍上半場的頭球梅開二度后，新鵬城一度看到翻盤希望。然而，薩卡里亞的進球和周大地小禁區內的推射，使得兩隊在常規時間內戰成平手。然而在點球決戰中，姜至鵬罰丟關鍵點球，導致新鵬城慘遭淘汰。

遼寧鐵人與青島海牛的比賽則是一場實力接近的較量。青島海牛在中超排名靠后，而遼寧鐵人在中甲表現搶眼。兩隊在90分鐘內互交白卷，但在點球決戰中，臧一鋒和栗鵬的罰球失手，青島海牛最終以4比2的比分驚險晉級。

大連鯤城與長春亞泰的比賽同樣激烈。朱世玉的世界波為大連鯤城首開紀錄，譚龍則為長春亞泰扳平比分。兩隊90分鐘內戰成平手，但在點球決戰中，羅西奇、雷文杰和譚龍均失手，大連鯤城最終以3比2的比分晉級16強。

青島紅獅與山東泰山的對決中，克雷桑和陳蒲上半場各入一球。隨后盧永濤和劉洋也各自建功，山東泰山最終以5比0的比分大勝對手。

蘇州東吳與上海海港的比賽同樣精彩。馬輔漁為蘇州東吳首開紀錄，加布里埃爾隨后扳平比分。然而，海港隊在下半場爆發，茹薩、吳俊杰和古斯塔沃的進球幫助海港隊以6比2的比分大勝對手，成功晉級。

重慶銅梁龍與河南隊的比賽中，卡多索和李星賢為河南隊建功。雖然吳永強為銅梁龍扳回一球，但河南隊還是以2比1的比分取勝。

石家莊功夫與北京國安的對決中，達萬、張稀哲、張源和王子銘的進球幫助北京國安以5比0的大比分戰勝對手。

廣西平果與成都蓉城的比賽中，王東升為平果隊打入處子球，嚴鼎皓和羅慕洛也各入一球，成都蓉城以3比0的比分取勝。

貴州筑城競技與天津津門虎的比賽中，王政豪為津門虎首開紀錄，最終津門虎以1比0的比分小勝對手。

經過這一輪的激烈角逐，浙江隊、大連英博、青島西海岸、上海申花、云南玉昆、河南隊、北京國安、山東泰山、上海海港、成都蓉城、天津津門虎和青島海牛等12支中超球隊成功晉級。而武漢三鎮、梅州客家、深圳新鵬城和長春亞泰等4支中超球隊遺憾出局，同時陜西聯合、廣州豹和大連鯤城等中甲球隊以及廣西恒宸中乙球隊也獲得了晉級16強的機會。